Ficha de proxecto

g-fluxo - g-fluxo

Periodo:01/08/2007 - 31/10/2009 (24 meses).

Entidad financiadora: Xunta de Galicia

G-Fluxo: Ferramenta de workflow en contornos distribuidos.
Aplicación a Química Computacional.


Actualmente os usuarios dun centro de supercomputación deben superar os rigores impostos por unha arquitectura complexa e especializada. Interfaces modo texto, sistemas de colas con numerosas opcións, formatos de input complexos e opcións de optimización en compilación moi específicas aínda están presentes na maioría dos centros de supercomputación como o CESGA.
Os Grids computacionais como o EGEE (Enabling Grids for E-SciencE) permiten un acceso eficiente e seguro a moi variados recursos computacionais, dende simples PCs a grandes clusters e supercomputadores como o FINISTERRAE, permitindo ademais a súa combinación. Isto fai posible realizar simulacións científicas realistas coordinando adecuadamente as diversas tarefas computacionais que compoñen a simulación. Tal aproximación tamén permite un uso cooperativo dos recursos hardware/software dispoñibles entre distintos usuarios. Con todo, a complexidade de uso do middleware involucrado nunha infraestrutura Grid con numerosos comandos coas súas correspondentes opcións non triviais fai que só usuarios avanzados sexan capaces dun uso óptimo destas infraestruturas.
O presente proxecto desenvolveu un contorno de desenvolvemento de workflows para para a utilización de computación distribuída que permita o uso de moi diferentes aplicacións, o uso dos recursos computacionais presentes no CESGA ou accesibles en infraestruturas Grid vistos como un único contorno.

(Click over the image to continue)



Publicacións

 

  • A. Rodríguez, E. Gutiérrez Sanmartín, J. López Cacheiro. “A proposal for a graphical user interface for molecular simulations (G-Fluxo)”. COST D37 GRIDCHEM ELAMS Workgroup Meeting. Marzo 2009. Catania (Italia)
  • E. Freire, J. López, and A. Simón, “Virtualising services in gLite: Increasing productivity without loosing performance”; OGF25/EGEE User Forum. Marzo 2009. Catania (Italia)
  • A. Rodríguez, E. Gutiérrez Sanmartín, J. López Cacheiro. “G-Fluxo: A Workflow Grid portal ready for Computational Chemistry”. Joint COST D37 GRIDCHEM WG + MC meeting. Praga (Republica Checa)
  • J. López Cacheiro, D. Cordero Placer, C. Fernández Iglesias, E. Gutiérrez Sanmartín, R. Valin, C. Fernández Sánchez, J. I. López Cabido, A. Rodríguez López, A. Garcia-Loureiro, M. Aldegunde, N. Seoane, T.F. Pena, J.C. Cabaleiro, F.F. Rivera. “FORMIGA/G-FLUXO: Adding Computer Labs to the Grid”. IBERGRID 3rd Iberian Grid infrastructure Conference Proceedings. Mayo 2009. Valencia (SPAIN)
  •  E. Gutiérrez Sanmartín, A. Costantini, J. López Cacheiro, and A. Rodríguez López. “G-FLUXO: A Workflow Portal Specialized in Computational BioChemistry”. Proc. of 1st Workshop IWPLS'09, CEUR Workshop Proceedings, ISSN 1613-0073, online CEUR-WS.org/Vol-513/paper04.pdf. Edinburgh, UK, September 2009, Edimburgo (Reino Unido).
  •  J. López Cacheiro, C. Fernández Iglesias, D. Cordero, C. Fernández Sánchez, E. Gutierrez, A. Rodríguez, R. Valín, A. Garcia-Loureiro, “FORMIGA/GFLUXO: plataforma distribuida de aulas de informática”, Jornadas Técnicas de Rediris 2009
  •  A. Costantini, E. Gutiérrez Sanmartín, J. López Cacheiro, and A. Rodríguez López. “Porting of GROMACS package in to the Grid Environment: testing of a new distribution strategy”. International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2010), Kyushu Sangyo University, Fukuoka, Japón.
  •  Alessandro Costantini, Eduardo Gutierrez, Javier Lopez Cacheiro, Aurelio Rodriguez, Osvaldo Gervasi and Antonio Lagana, "Porting of GROMACS Package into the Grid Environment: Testing of a New Distribution Strategy.", Lecture Notes in Computer Science Volume: 6019/2010 Páxinas: 41 - 52 ISBN: 3-540-22947-7.
  •  Alessandro Costantini,Eduardo Gutiérrez, Javier López Cacheiro, Aurelio Rodríguez, Osvaldo Gervasi, Antonio Laganà, "On the extension of the grid-empowered molecular science simulator: MD and visualisation tools.", International Journal of Web and Grid Services 2010, Volume: 6 Número: 2 Páxinas: 141 - 159, ISBN: 1741-1106